Po 14 lipca 1944 r. do Kulmhof nie kierowano już żadnych dużych transportów, jedynie sporadycznie przywożono ofiary ciężarówkami. Na taką decyzję wpłynęła sytuacja na froncie wschodnim (zbliżanie się Armii Czerwonej do linii Wisły). Władze niemieckie zdecydowały o wywózce pozostałych w getcie łódzkim Żydów (ok. 70 tys.) do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau (9–29 sierpnia). W sierpniu 1944 r. rozpoczęto likwidację obozu w Chełmnie. Rozebrano baraki i piece krematoryjne, wywieziono samochody-komory gazowe, stopniowo – w wyniku morderstw i okrutnego traktowania przez załogę obozu malała liczba pozostających jeszcze na jego terenie żydowskich więźniów – robotników przymusowych (z ok. 90 do 47) .
Ostateczna likwidacja obozu nastąpiła w nocy z 17 na 18 stycznia 1945 r. Do dramatycznych wydarzeń doszło wówczas w spichlerzu, gdzie mieściły się warsztaty krawców i szewców, oraz gdzie zamykano Żydów na noc. Tak wydarzenia te opisał Szymon Srebrnik, najmłodszy z przetrzymywanych wówczas w obozie więźniów:
Gdy nadchodziły wojska radzieckie, w nocy, daty nie pamiętam, wywoływano wszystkich robotników i kazano wychodzić piątkami – teren był oświetlony reflektorem samochodu. Ja wyszedłem w pierwszej piątce. Lenz kazał położyć się na ziemi. Strzelał on z rewolweru wszystkim po kolei w tył głowy. Straciłem przytomność. Odzyskałem ją, gdy koło mnie nikogo nie było. Wszyscy SS-mani strzelali do wnętrza spichrza. Przyczołgałem się do samochodu, który oświetlał teren i stłukłem oba reflektory. Korzystając z ciemności uciekłem. Rana nie była śmiertelna. Kula przeszła przez szyję, przeszła przez usta i przebijając nos wyszła na zewnątrz. Schowałem się w stodole Wieczorka (z jego wiedzą). Nie znaleźli mnie.
W pewnym momencie zdesperowani Żydzi wciągnęli do budynku jednego z SS-manów i powiesili, następnie z odebranej mu broni ostrzeliwali oprawców (jeden zginął). Wówczas komendant Hans Bothmann wydał rozkaz podpalenia spichlerza, w pożarze budynku zginęli ostatni więźniowie. Likwidację obozu przeżyli jedynie Szymon Srebrnik i Mieczysław Żurawski.
W 77. rocznicę tych tragicznych wydarzeń pracownicy Muzeum uczcili pamięć ostatnich ofiar obozu przez złożenie kwiatów na pomniku wybudowanym w 1957 r. nad ich masowym grobem.
