Po 14 lipca 1944 r. do Chełmna (niem. Kulmhof) nie kierowano już żadnych dużych transportów, jedynie sporadycznie przywożono ofiary ciężarówkami.
Pozostałych w getcie łódzkim Żydów Niemcy wywieźli w dniach 9–29 sierpnia do obozu Auschwitz-Birkenau. W sierpniu 1944 r. rozpoczęto likwidację obozu w Chełmnie. Rozebrano baraki i piece krematoryjne, wywieziono samochody–komory gazowe. Jesienią 1944 r., przy zacieraniu śladów funkcjonowania obozu, pracowało jeszcze ok. 80–90 Żydów, w tym przywożonych z Łodzi wybranych spośród pozostałych po likwidacji getta komand robotników. Więźniów tych sukcesywnie mordowano. Ostateczna likwidacja obozu nastąpiła w nocy z 17 na 18 stycznia 1945 r. Do dramatycznych wydarzeń doszło wówczas w spichlerzu, w którym przebywało jeszcze 47 żydowskich więźniów – krawców i szewców oraz robotników porządkowych. Niemcy zaczęli ich wyprowadzać piątkami i rozstrzeliwać przed budynkiem. W pewnym momencie zdesperowani Żydzi wciągnęli na piętro spichlerza Hauptwachtmeistra Lenza i powiesili, następnie z odebranej mu broni ostrzeliwali oprawców, zabijając policjanta Haasego. Wówczas komendant wydał rozkaz podpalenia spichlerza, w pożarze budynku zginęli ostatni więźniowie. Likwidację obozu przeżyli jedynie Szymon Srebrnik i Mordka Żurawski, który tak opisał te tragiczne wydarzenia:
„W Chełmnie robotnicy mieszkali w spichrzu. Na piętrze mieścili się krawcy i szewcy, na dole zaś mieściło się Hauskomando i Waldkomando. 17 stycznia w nocy wszedł do spichrza Lenc i wywołał pięciu ludzi, po chwili rozległo się pięć strzałów. Wiedzieliśmy, że jesteśmy wszyscy straceni i będą nas kolejno piątkami rozstrzeliwać. Zastukałem deską w sufit, alarmując krawców i szewców na piętrze. Zdecydowałem się ratować. Stanąłem z nożem w ręku przy drzwiach za kocem. Gdy wyprowadzono 4-tą piątkę i zamykano drzwi, rzuciłem się całym rozpędem na drzwi, prawdopodobnie przewracając Lenca, który je zamykał. Biegłem całym rozpędem przed siebie, zadając ciosy nożem. Byłem jak nieprzytomny. Jak później dowiedziałem się, jednemu z żandarmów obciąłem nos, drugiemu ucho. Strzelano do mnie, przy czym jedna kula trafiła mnie w mięśnie uda prawej nogi. Jeden z żandarmów uderzył mnie kolbą w nogę, uciekałem jednak dalej. Przedostałem się przez ogrodzenie, kalecząc do kości prawą rękę, a następnie uciekałem w kierunku lasu. Zorganizowano za mną pogoń”
W 78. rocznicę likwidacji obozu pamięć ostatnich ofiar uczcili kierownik Oddziału Bartłomiej Grzanka z pracownicami muzeów w Żabikowie i Chełmnie.
